Paramètres des graphes

Utilisation de la fonction par() :

• par() : renvoie la liste de tous les paramètres.
• par("cex") : lit le paramètre cex.
• par(cex = 0.5) : modifie le paramètre.
• oldpar <- par() : sauvegarde le paramétrage courant dans la variable oldpar, pour restauration ultérieure.
• par(cex = oldpar$cex) : rétablit le paramètre cex à la valeur précédemment sauvegardée dans oldpar.

Paramètres principaux :

• plot(seq(1, 10), seq(11, 20), main = "title", xlab = "x label", ylab = "y label", type = "p", col = "blue", pch = 3, lab = c(10, 5, 0)) : donne un titre, une étiquette pour les axes des x et des y, un type, une couleur, un symbole pour les points et un nombre de graduations.
• type :
  • p pour points (ou le symbole demandé).
  • l pour ligne.
  • b pour point + ligne (both).
  • o pour point + ligne se chevauchant (overplotted).
• couleurs : pour avoir la liste complète, faire : colors().
• caractères (pch) :
  • 1 : rond
  • 2 : triangle
  • 3 : + (ou '+', mais le symbole n'est alors pas parfaitement aligné)
  • 4 : X
  • 5 : losange
  • 6 : triangle vers le bas
  • 7 : carre avec diagonale
  • 8 : *
  • 9 : losange avec diagonale
  • 10 : rond avec croix
  • 11 : etoile
  • 12 : carre avec croix
  • 13 : rond avec croix
  • 14 : carre avec V
  • 15 : carre plein
  • 16 : rond plein
  • 17 : triangle plein
  • 18 : petit losange plein
  • 19 : rond plein
  • 20 : petit rond plein
  • 22 : carre
  • 46 : point (code ASCII de '.')
  • 65 : A (code ASCII)
  • 'A' : A
• lab : donne le nombre de graduations sur l'axe des x et sur l'axe des y (3ème argument non utilisé).
• xaxp = c(0, 50, 10) : numerote l'axe des x de 0 a 50 avec 10 ticks (idem avec yaxp).
• Coordonnées logarithmiques selon un axe ou les deux : plot(seq(1, 10), seq(11, 20), log = "x") : logarithmique selon x (log = "xy" pour avoir les deux axes logarithmiques).
• Ticks et grilles :
  • plot(seq(1, 10), seq(11, 20), tck = 1) : dessine une grille.
  • plot(seq(1, 10), seq(11, 20), tck = 0.02) : ticks intérieurs (en fraction de la zone de plot).
  • plot(seq(1, 10), seq(11, 20), tck = -0.02) : ticks extérieurs (en fraction de la zone de plot).

Customisation :
plot(1:10, 1:10, type = "l", lty = "dotted", lwd = 3, yaxt = "n", fg = "red", bty = "l", las = 2, cex.lab = 1.5, cex.axis = 2, col.lab = "green", col.axis = "blue") : trace le graphe avec des lignes (type), en pointillés (lty), d'épaisseur 3 (lwd), sans graduation de l'axe des y (yaxt), avec des axes en rouge (fg), seulement en bas et à gauche (bty), avec des étiquettes de graduation perpendiculaires à l'axe (las), un label d'axe 1.5 fois plus grand que normal (cex.lab), des étiquettes de graduation 2 fois plus grand que normal (cex.axis), une couleur de label d'axe verte (col.lab) et un couleur des graduations bleue (col.axis).

• lwd : épaisseur du trait.
• lty : type de trait ("blank", "solid", "dashed", "dotted", "dotdash", "longdash", "twodash"). On peut asusi donner des valeurs numériques (1=solid (default), 2=dashed, 3=dotted, 4=dotdash, 5=longdash, 6=twodash), qui sont les seules à marcher pour matplot !
• fg : couleur des axes et des ticks (ou de la grille).
• bty : allure de la boîte des axes (o, l, 7, c, u, ], n) : n = sans axes, les autres tracent une boîte selon la forme de la lettre (o = tout autour, l = bas et gauche, 7 = haut et droite, etc ...
• cex = 1.5 : grandit le texte et les symboles d'un facteur 1.5
• cex.lab = 1.5 : grandit les labels d'axes (noms) d'un facteur 1.5
• cex.main = 0.5 : diminue la taille du titre à 0.5
• cex.axis = 2 : grandit le texte des graduations d'une facteur 2
• col.lab = "red" : change la couleur des labels d'axes (noms).
• col.main = "red" : change la couleur du titre.
• col.axis = "red" : change la couleur des annotations des axes (nombres par exemples).
• las = 0 : parallèle aux axes, las = 1 : horizontal, las = 2 : perpendiculaire aux axes, las = 3 : vertical
• xlim = c(0, 5) : impose d'avoir l'axe des x qui varie entre 0 et 5 (idem avec ylim).
• xaxt = "n" : supprime la graduation de l'axe des x (idem avec yaxt pour l'axe des y).

Fixation de la couleur ou du caractère pour chaque point :

• plot(seq(1, 10), seq(11, 20), col = c("red", "blue")) : trace chaque point alternativement en rouge ou en bleu (cf principe de recyclage).
• plot(seq(1, 10), seq(11, 20), pch = ifelse(seq(1, 10) > 5, 1, 2)) : trace des triangles pour les valeurs de x jusqu'à 5 et des ronds au delà.

Fixation des marges (très utile quand les étiquettes des axes sont par exemple trop grandes pour être tracées dans la marge par défaut :

png("myGraph.png", 500, 500)
par(mar = par("mar") + c(2, 0, 0, 0))
plot(seq(20), rnorm(20, 2, 1))
graphics.off()

• par("mar") : renvoie un vecteur à 4 valeurs avec la largeur des quatres marges : c(bottom, left, top, right). Défaut : 5.1 4.1 4.1 2.1
• par(mar = c(6, 4, 4, 2)) : change les valeurs des marges pour le device ouvert.

Coordonnées :

• par("usr") : donne le vecteur des coordonnées extrèmes du graphe dans la région où sont dessinés les points : c(xmin, xmax, ymin, ymax)
• au début, c'est c(0, 1, 0, 1) et il change à chaque fois que l'on trace un graphe.

Label des axes : title(xlab = "MA corrected intensity", line = 4) : permet de mettre une étiquette à l'axe des x, mais en indiquant un espacement à volonté.