Exécution d'un script.

Pour exécuter traditionnellement (avec l'ancienne méthode) un script R (sous linux) :
R -q --vanilla < myFile.R

Pour exécuter un script R en donnant des arguments (sous linux) :
R --vanilla --args myArg1 myArg2 ... < myFile.R
Les arguments peuvent alors être récupérés dans le programme par l'appel à la fonction commandArgs().

Pour faire un script R (sous linux) avec la méthode plus moderne (comme un script shell ou perl par exemple) :

• Mettre en tête de fichier : #!/usr/bin/env Rscript (ou simplement #!/usr/bin/Rscript si Rscript est installé dans /usr/bin).
• Rendre le fichier exécutable (chmod +x).
• passer des arguments au script : ./myScript.R arg1 arg2 ...
• Récupérer les arguments avec : args <- commandArgs(TRUE)
• Attention : les arguments récupérés sont de type character. Si on veut passer des valeurs numériques, il faudra les convertir : as.numeric(args[3]).

On peut aussi faire Rscript myScript.R arg1 arg2 ... sans avoir besoin de mettre l'en-tête ("schebang") dans myScript.R, ni avoir besoin de le rendre exécutable.

Pour exécuter un script R dans un autre script : source("myScript.R") : exécute myScript.R à l'endroit ou le source est appelé.

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